สถาบันศึกษาปอเนาะในอำเภอสะบ้าย้อย  มีทั้งหมด 13 แห่ง  ได้แก่

1. สถาบันศึกษาปอเนาะสามัคคีพัฒนศึกษา  ที่ตั้ง 87 หมู่ที่ 1 ตำบลจะแหน อำเภอสะบ้าย้อย จังหวัดสงขลา ผู้รับผิดชอบ  นางสาววรรณภา  เพ็ชรจูด
2. สถาบันศึกษาปอเนาะนูรุลฟัจน์ ที่ตั้ง หมู่ที่ 2 ตำบลจะแหน อำเภอสะบ้าย้อย จังหวัดสงขลา ผู้รับผิดชอบ  นายอนันต์  นิลพงษ์
3. สถาบันศึกษาปอเนาะอีหยาอูลอูลูมิดดีน  ที่ตั้ง  12/4 หมู่ที่ 2 ตำบลทุ่งพอ อำเภอสะบ้าย้อย จังหวัดสงขลา  ผู้รับผิดชอบ นายวิชาญชัย  ขามโคง
4. สถาบันศึกษาปอเนาะอิสลาหุดดีน  ที่ตั้ง 14/7 หมู่ที่ 5 ตำบลทุ่งพอ อำเภอสะบ้าย้อย จังหวัดสงขลา  ผู้รับผิดชอบ  นางกุลชญา  กุลถิรวงศ์
5. สถาบันศึกษาปอเนาะอิสลาฮุดดีน ที่ตั้ง  56/2 หมู่ที่ 2 ตำบลเปียน อำเภอสะบ้าย้อย จังหวัดสงขลา  ผู้รับผิดชอบ  นางสาวสาลีนา  สูนสละ
6. สถาบันศึกษาปอเนาะอิสลามียะอัดดีนียะห์  ที่ตั้ง  หมู่ที่ 2 ตำบลเปียน  อำเภอสะบ้าย้อย  จังหวัดสงขลา  ผู้รับผิดชอบ  นางสาวสุนันทา  สอขามิ
7. สถาบันศึกษาปอเนาะอิสลามศาสนสาตร์  ที่ตั้ง  99/6  หมู่ที่ 6 ตำบลเปียน อำเภอสะบ้าย้อย  จังหวัดสงขลา  ผู้รับผิดชอบ  นางสาวกูราฟีดา  สาแลหมัน
8. สถาบันศึกษาปอเนาะญาบาลุลฮูดา  ที่ตั้ง  45/10 หมู่ที่ 4 ตำบลธารคีรี  อำเภอสะบ้าย้อย  จังหวัดสงขลา  ผู้รับผิดชอบ  นางสาวบุหลัน คงสุวรรณ์
9. สถาบันศึกษาปอเนาะนูรุลกุรอาน  ที่ตั้ง  หมู่ที่ 2 ตำบลทุ่งพอ อำเภอสะบ้าย้อย จังหวัดสงขลา  ผู้รับผิดชอบ นางสาววรรณภา  เพ็ชรจูด
10. สถาบันศึกษาปอเนาะดารุลกรุอาน  ที่ตั้ง  หมู่ที่ 8 ตำบลทุ่งพอ  อำเภอสะบ้าย้อย  จังหวัดสงขลา  ผู้รับผิดชอบ  นางสาวสุนันทา  สอขามิ
11. สถาบันศึกษาปอเนาะดารุลฟุรกอน  ที่ตั้ง  3/1  หมูที่ 3 ตำบลธารคีรี  อำเภอสะบ้าย้อย  จังหวัดสงขลา 
12. สถาบันศึกษาปอเนาะมัดหัดดารุสลาม  ที่ตั้ง  24 หมู่ที่ 1  ตำบลจะแหน  อำเภอสะบ้าย้อย  จังหวัดสงขลา
13. สถาบันศึกษาปอเนาะตะฮฟิสกุรอาน  ที่ตั้ง  หมู่ที่ 2 ตำบลสะบ้าย้อย อำเภอสะบ้าย้อย จังหวัดสงขลา